相手が鍵アカではないのにリプライが見えなくて困っている人向け

このようにリプライに数字がついているのにリプライがくっついていない、または、数が合わないときの話です。
これに対して「鍵アカからのリプライは見えないよ！」というツイートをよく見るので、実はそういうことじゃないんじゃないかと思い、説明します。
なお、ツイッターでは仕様変更が何度もありますので、この記事は最新の情報でない場合があります。

▼ツイートを単体で見る/▼クオリティフィルター/▼詳細フィルター/▼検索フィルター
 ▼リプライ検索/▼引用ツイート検索/▼高度な検索
 ▼ブロックされてる？/▼それでも見つけられない/▼そもそも『不具合』ではない
 ▼検索アプリを作りました

非公開アカウントからのリプライは見えません

最初に言っておきますが、見えないように設定しているものは見えません。
フォローしている非公開アカウントからのリプライや、公開アカウントからのリプライが見えないことについて書いた記事です。

ツイートをクリックしてみる

リプライマークがついているツイートをクリックしてみると、本来リプライがついている場所に「返信をさらに表示」と書かれてあることがあります。

「返信をさらに表示」をクリックすると、クオリティフィルターにひっかかっている（と思われる）リプライが表示されます。
クオリティフィルターについては以下をご覧ください。

リプライがクオリティフィルターにひっかかっているかもしれない

公式アプリなら通知画面の左上の歯車マーク、デスクトップ版なら設定-通知に進むと、解除することができます。
これは初期設定でオンになっています。

ヘルプセンター：
[通知] タイムラインについて

自分で設定した詳細フィルターにひっかかっているのかもしれない

上記画面から『詳細フィルター』に進むと、今度はこれがでてきます。

こちらは初期設定では全てオフになっています。

検索フィルターについて

現在はデスクトップ版のみでしか設定できませんが、ツイート検索結果の画面の右端にある...（縦向き）をクリックして、『サーチ設定』をクリックすると、

で、ブロックやミュートしているアカウントを検索に含むか除外するか選ぶことができます。
この機能がついてからは初期設定でオン＝除外されています。
デスクトップ版で設定しておくと、公式アプリでも適用されます。
相手からブロックされていると、その相手のツイートは自分の検索結果から除外されます。

中傷行為などで通報を受けたアカウントはもちろんのこと、短期間に大量のフォローやいいねなどをしたアカウントもスパムとみなされ、ツイート検索から除外されることがあります。
こうなると直接相手のアカウント（ホーム）を見るしか方法はありません。
でもそういうアカウントからのリプライは見ないほうがいいことが多いと思います。

ヘルプセンター：
自分のツイートが他のユーザーに表示されないケースについて
ツイートの公開範囲が制限される状況の例

: 「サポートされていない番号です」でアカウントロックを解除できなかったら
最近では、自動と見られる行動に対して容赦なくロックがかかるようになっています。

ツイート（リプライ）を検索

~~クオリティフィルターを外しても、外すまえに来たリプライは通知（メンション）に表示されないものだと思ってください。~~
クオリティフィルターを外すと、通知（メンション）の一番上ではなく、本来なら表示されていた時間のところに出てきます。

さかのぼっても見つからないならツイート検索です。
やで検索してみてください。
『to:ID』は先頭にIDが含まれているツイート、『@ID』はツイート内にIDが含まれているツイートが対象となります。
例：to:TwitterJP

【リプライ検索】（to:ID -from:ID）

エンターキーではなく検索ボタンを押してください（要javascript）。
公式アプリ内でこの記事を開いている場合は、強制的に検索画面に移動しますのでご注意ください。

引用ツイートを検索

IDに_（アンダースコア）が含まれていなければ、引用ツイートを探すことができます。

例：twitter.com/TwitterJP

【引用ツイート検索】（twitter.com/ID -from:ID）

エンターキーではなく検索ボタンを押してください（要javascript）。
公式アプリ内でこの記事を開いている場合は、強制的に検索画面に移動しますのでご注意ください。

_（アンダースコア）が含まれている場合の検索方法も一応ありますので、ツイート検索をフル活用するための演算子をご覧ください。

その他・詳細な検索について

ツイートの日付を期間指定したい場合は以下のように検索してください。

例：to:twitterjp since:2013-09-01 until:2013-12-31

覚えられなくても、デスクトップ版で検索の『演算子』を見るか、高度な検索を使えば、だいたいわかります。

ブロックされている・している

あなたをブロックしているアカウントからのリプライという可能性もあります。
そういうリプライは見ないほうがいいと思いますが、どうしても気になるなら、ログアウトした状態でデスクトップ版でツイート検索をしてみてください。
ただし、前述のように、相手がクオリティフィルターにかかるようなアカウント（≒スパムアカウント）であれば、検索には表示されません。

あなたがブロックしているアカウントは、あなたのリプライ画面やツイート検索に表示されないだけで、あなたにリプライは送ることはできます。
ですが、あなたのツイートに対してリプライを送ることはできません。
なので、リプライ矢印マークの正体が、あなたがブロックしているアカウントということは絶対にありません。

それでも見つけられない

非公開アカウントからのリプライでしょう。

『たまに』『1件程度』なら、あなたにフォローされていないのにうっかりリプライを送ってしまった非公開アカウントでしょう。
「鍵かかってるとリプライが見えないよ」と言ってみましょう。

『最近のほぼ全てのツイートに』『たくさん』なら、非公開アカウントがあなたに嫌がらせをしている可能性があります。
相手はあなたが不快に感じるのを待っているだけなので、飽きてくれるまで待ちましょう。
非公開アカウントでも、短時間にリプライを送りまくるとアカウントロックがかかります。